در حالی که لاک‌پشت‌های نینجا برای به دست آوردن محبوبیت در شهر نیویورک تلاش می‌کنند، با ارتشی از جهش‌یافته‌ها مواجه می‌شوند و برای رد شدن از این مانع تصمیم می‌گیرند...

هنگامی که یک غریبه مرموز از آینده با یک هشدار وحشتناک از راه می رسد، لئو مجبور می شود تا برخاسته و برادرانش راف، دانی و مایکی را در مبارزه ای برای نجات جهان از یک گونه بیگانه وحشتناک رهبری کند.

بتمن، بت گرل و رابین با لاک پشت های نینجا متحد می شوند تا با دشمن قسم خورده لاک پشت ها یعنی “شرِدر” مبارزه کنند. این در حالی است که شردر هم با راس الغول و لیگ قاتلان متحد شده است…

داستان فیلم یکسال پس از وقایع قسمت نخست که طی آن لاکپشت های نینجا اجازه ندادند ویروس مرگبار توسط "شریدر" در نیویورک منتشر شود، رخ می دهد. خبر می رسد شریدر توانسته از از چنگال قانون بگریزد. وی پس از فرار از زندان به سراغ یک دانشمند دیوانه به نام استوکمن می رود تا با استفاده از قابلیت های او، تعدادی هیولای کله گنده برای پیشبرد اهدافش خلق کند...

داستان درباره 4 لاک پشت نینجا به نام های لئوناردو، رافائل، میشل آنجلو و دوناتلو می‌باشد که باید در برابر دشمنی اهریمنی و بدجنس به نام "شرودر" ایستادگی نمایند و...

یک " لگوی " کوچک و معمولی به گمان اینکه می تواند یک قهرمان باشد به عضویت گروهی در می آید که قصد دارند به جنگ یک " لگوی " ظالم بروند اما...

پس از اتفاقات گذشته، حالا لاکپشت‌ها به‌عنوان قهرمان در بین مردم پذیرفته شده‌اند و برای ادامه زندگی‌شان باید به مدرسه بروند و با مشکلات روزمره یک نوجوان معمولی، در کنار انجام وظیفه‌شان به‌عنوان یک قهرمان، ادامه دهند.